Synode: Das Kirchenparlament repräsentiert die evangelischen Christen in Deutschland. Die EKD-Synode besteht aus 120 Mitgliedern. Davon werden für eine Amtszeit von sechs Jahren 100 von den Landeskirchen entsandt. 20 Synodale beruft der Rat, zumeist Personen des öffentlichen Lebens und kirchlicher Werke. Geleitet wird die Synode von einem Präsidium, dem ein Präses vorsitzt. Bei der Tagung in Würzburg im Mai 2015 wurde die ehemalige Bundesministerin Irmgard Schwaetzer (FDP) in dieses Amt gewählt. Aufgabe der Synode, die in der Regel einmal jährlich zusammentritt, ist es, die Arbeit der EKD und kirchliche Fragen zu beraten. Dazu gehören Beschlüsse über den EKD-Haushalt, Kirchengesetze und Kundgebungen für die Öffentlichkeit. Zusammen mit der Kirchenkonferenz wählt die Synode den Rat und aus dessen Mitte den Ratsvorsitzenden.
Rat: Er ist das einer Regierung vergleichbare Leitungsgremium. "Soweit die Befugnisse nicht anderen Organen beigelegt sind, ist er für alle Aufgaben der EKD zuständig", bestimmt die Verfassung. Der Rat soll dabei insbesondere für die Zusammenarbeit der kirchlichen Werke und Verbände sorgen, die evangelischen Christen in der Öffentlichkeit vertreten und zu Fragen des religiösen und gesellschaftlichen Lebens Stellung beziehen. Von den 15 Mitgliedern des Rates werden 14 gemeinsam von der Synode und der Kirchenkonferenz für sechs Jahre gewählt. Dabei ist eine Zwei-Drittel-Mehrheit nötig. Der oder die Synodenpräses ist "geborenes" Ratsmitglied. Aus der Mitte des Rates wählen Synode und Kirchenkonferenz gemeinsam den Ratsvorsitzenden und dessen Stellvertreter. In der Praxis vertritt der Ratsvorsitzende die evangelische Kirche in der Öffentlichkeit.
Kirchenkonferenz: Ihr gehören Vertreter aus den Kirchenleitungen der 20 Landeskirchen an. Kirchen mit mehr als zwei Millionen Mitglieder haben zwei Stimmen, alle anderen eine Stimme. Die Kirchenkonferenz ist ein mit dem Bundesrat vergleichbares Organ. Damit nehmen die Landeskirchen direkt Einfluss, etwa indem sie an der Gesetzgebung und bei der Ratswahl mitwirken. Den Vorsitz in der Kirchenkonferenz, die in der Regel viermal im Jahr zusammentritt, hat der Ratsvorsitzende.
